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第一批试点(1996年):
清华大学
北京大学
国防科技大学(高性能计算全国重点实验室、并行与分布计算全国重点实验室)
第一批新增(1998年):
北京航空航天大学、南京大学、浙江大学、哈尔滨工业大学
第二批(2000年):上海交通大学、复旦大学、中国科学技术大学、西北工业大学、华中科技大学、吉林大学、东北大学
第三批(2003年):武汉大学、东南大学、西安交通大学、电子科技大学、重庆大学
第四批(2006年):同济大学、山东大学、四川大学、北京邮电大学、北京交通大学
第五批(2011年):中国人民大学、北京工业大学、北京理工大学、北京科技大学、北京师范大学、南开大学、天津大学、山西大学、太原理工大学、哈尔滨理工大学、燕山大学、哈尔滨工程大学、华东师范大学、苏州大学、南京航空航天大学、南京理工大学、中国矿业大学、河海大学、安徽大学、合肥工业大学、厦门大学、中国海洋大学、武汉理工大学、湖南大学、中南大学、中山大学、华南理工大学、西南交通大学、西北大学、西安电子科技大学、兰州大学。
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